Что касается планирования и доступа к производственным ресурсам, то в некоторых странах существуют правила в отношении районов аквакультуры. Согласно этим правилам аквакультурой можно заниматься только в специально отведенных районах и каждый, кто хочет заниматься аквакультурой должен сначала подать заявку и получить лицензию. Во многих случаях за нелицензированную деятельность можно подвергнуться штрафу, тюремному заключению или ликвидации хозяйства -либо любой комбинации этих трех наказаний. В некоторых странах имеются также зоны для конкретных видов, и определенные виды можно культивировать только в специально отведенных для них зонах. Трудной задачей для многих правительств является лицензирование или регистрация существующих ферм, в частности огромного количества мелких хозяйств, которые даже трудно назвать рыбоводческими хозяйствами. При своих мелких размерах все вместе они занимают огромные площади, что может сказываться на устойчивости.
Существуют также законы и правила относительно доступа к воде и ее использования, а также сточных вод. В большинстве стран, чтобы построить в открытых водных районах любые такие сооружения, как ловушки и садки для рыбы, или плотину, перегораживающую поток воды исключительно для личного использования, необходимо получить разрешение соответствующих властей. Однако зачастую бывает трудно обеспечивать выполнение таких законов, поскольку не всегда есть возможность следить за подобной деятельностью. Во многих случаях местные общины и/или фермерские ассоциации управляют водными ресурсами и разрешают конфликты. Поощряется также многоцелевое использование воды (например, при комплексном выращивании рыбы и риса) в качестве эффективного способа использования воды там, где ее мало, и средства сведения к минимуму конфликтов. В развитых странах и во многих развивающихся странах, где аквакультура играет важную роль, контролирующие органы власти обычно вводят инструкции по сбросу сточных вод или стандарты для сброса отработанных вод аквакультуры. В большинстве случаев они берут за основу не риски или последствия для водоприемников, а эффективность технологий, применяемых для очистки и контроля за отходами. Во многих случаях эти стандарты заимствуются в других странах. Рыбоводческие хозяйства, которые собираются сбросить отработанные воды, должны получить разрешение, прежде чем производить сброс. В разрешении указываются условия и ограничения, в соответствии с которыми хозяйство может произвести сброс; в нем также определяются требования по мониторингу загрязнения и отчетности.