В аквакультуре крупные производители культивируемого лосося, сома и креветок создали передовые централизованные рыбообрабатывающие предприятия в целях улучшения ассортимента продукции, получения лучших уловов и удовлетворения растущих требований к качеству и безопасности продуктов в импортирующих странах. Во многих развитых странах рыбообработчики часто сталкиваются с сокращением доходности бизнеса из-за возрастающей конкуренции со стороны низкозатратных рыбообработчиков в развивающихся странах. Они также испытывают все больше проблем, связанных с недостатком отечественного сырья, вызванным сокращением запасов, и с необходимостью импортировать рыбу для ведения бизнеса.
Рыба играет важную роль не только в плане ее использования для непосредственного потребления человеком, но также в производстве кормов для животных, особенно рыбной муки. Около четверти мировой рыбной продукции предназначается для производства непищевых продуктов, причем большая часть превращается в рыбную муку и рыбий жир. Оставшаяся часть, состоящая главным образом из малоценной рыбы, обычно используется как непосредственный корм для аквакультуры и домашнего скота. В 2006 году количество рыбы, использующейся в качестве сырья для производства рыбной муки, составляло примерно 20,2 миллиона тонн, что на 14 процентов меньше, чем в 2005 году и по-прежнему намного ниже максимального уровня (свыше 30 миллионов тонн), зарегистрированного в 1994 году. Сокращение производства рыбной муки в последнее десятилетие происходило неравномерно; его значительные колебания в основном являлись отражением годовых изменений уловов мелких пелагических видов, особенно перуанского анчоуса.
Еще одной новой отраслью применения рыбы, ракообразных и других морских организмов является использование их в качестве источника биологически активных молекул для фармацевтической промышленности. Хитин из панцирей креветок и крабов уже используется в фармацевтической промышленности. Хитин и хитозан имеют широкое применение во многих областях, таких как водолечение, косметика и парфюмерия, продукты питания и напитки, химические удобрения и лекарственные средства. Япония является самым крупным рынком сбыта (20 тысяч тонн) продуктов, получаемых из хитина. Медико-биологические продукты, получаемые из отходов переработки рыбы (например, кожа, кости и плавники), привлекают большое внимание этой отрасли. Рыбьей кожей как источником желатина заинтересовались, когда губчатая энцефалопатия крупного рогатого скота и некоторые религиозные требования заставили искать источники желатина, альтернативные желатину млекопитающих. В 2006 году, по оценкам, было произведено 2500 тонн рыбного желатина. Аналогичным образом рыбный коллаген в фармацевтической промышленности имеет преимущества перед коллагеном, получаемым из крупного рогатого скота. Каротиноиды и астаксантины - это пигменты, которые можно получать из отходов переработки ракообразных, и фармацевтическая промышленность сейчас проявляет интерес к отходам переработки морепродуктов как источнику этих важных молекул. Рыбный силос и гидролизаты рыбного белка, получаемые из рыбных субпродуктов, находят применение в производстве кормов для домашних животных и рыбы. При изучении морских губок, мшанок и книдарий был обнаружен ряд противораковых молекул. Однако после того, как эти молекулы были открыты, вместо того, чтобы непосредственно извлекать их из гидробионтов, в целях сохранения устойчивости их стали получать путем химического синтеза. В настоящее время изучается еще один подход - культивирование некоторых видов губок.