В отличие от структуры региональных органов по рыболовству, все организации по тунцу имеют управленческие функции, сопоставимые цели управления и аналогичные задачи. Кроме того, большинство этих организаций имеет общих членов и зачастую совместно используемые флотилии.
По крайней мере в одном случае у двух РРХО мандаты частично совпадают. Поэтому представляется целесообразным, чтобы они сотрудничали и старались содействовать межрегиональной координации в таких общих вопросах, как согласованные оценки запасов, МКН, система мониторинга судов (СМС), списки судов, системы слежения за торговлей и уловами и контроль за перегрузками. На совещании 2008 года отмечалось, что все организации по тунцу провели работу по улучшению совместного использования данных и по укреплению мер МКН, главным образом для сдерживания HHH промысла.
На проводившихся недавно международных встречах была высказана озабоченность в связи с тем, что некоторые РРХО не принимают меры по управлению, даже если они основаны на самых передовых научных рекомендациях. Это непринятие создает плохую репутацию роли и работе РРХО и ставит под удар доверие к ним. В отчете совещания РРХО по тунцу 2008 года также упоминается этот вопрос. В нем отмечается, что РРХО испытывают большую озабоченность в связи с тем, что в некоторых организациях очень медленно продвигается решение таких вопросов, как создание справедливых и прозрачных процедур распределения, контроль мощностей, а также управление, основанное на научных рекомендациях. Более того, серьезное беспокойство было высказано относительно последствий, связанных с непринятием РРХО мер по управлению, соответствующих наиболее передовым научным рекомендациям. По этому вопросу в декабре 2007 года стороны и гражданское общество Тихоокеанских островов высказали критику в адрес Комиссии по рыболовству в центральной и западной части Тихого океана (ВКПФК) в связи с непринятием ею решений по управлению запасами большеглазого и желтоперого тунца. Эта ситуация привела к напряженным отношениям между государствами Тихоокеанских островов и государствами-членами ВКПФК, ведущими экспедиционное рыболовство.
Хотя РРХО являются главным механизмом обеспечения международного сотрудничества в области управления рыболовством, другие организации и механизмы также все больше концентрируют свое внимание на вопросах, связанных с рыболовными промыслами и их долгосрочной устойчивостью, с экосистемой, с изменениями окружающей среды и климата, часто на всесторонней основе. Международное сообщество призывает к расширению сотрудничества с этими организациями и механизмами, которые включают партнерскую инициативу «От белой воды к голубой воде», Ассоциацию стран Юго-Восточной Азии (АСЕАН), Сообщество развития Юга Африки (САДК), МЕРКОСУР и Региональное министерское совещание по вопросам содействия практике ответственного рыболовства, включая борьбу с незаконным, несообщаемым и нерегулируемым промыслом в регионе (Бали, Индонезия, 2007 год).