Бонитировкой называют качественную оценку племенных животных. По результатам бонитировки ремонтно-маточное стадо разделяют на несколько групп (классов), различающихся по племенной ценности.
Бонитировку племенных рыб проводят ежегодно весной при облове зимовальных прудов. Бонитировку ремонтных групп следует проводить как можно раньше, не задерживая пересадку рыб на нагул. Бонитировку производителей целесообразно проводить при прогреве воды до 12-14 °C, когда половые различия становятся хорошо выраженными.
Методы проведения бонитировки селекционных и промышленных стад различны.
При селекционной работе основная задача бонитировки состоит в выявлении генетически лучших производителей, что может быть достигнуто с помощью специальных методов, включая оценку производителей по потомству.
Основная цель бонитировки промышленного стада состоит в распределении производителей на группы по готовности рыб к нересту, показателем которой служит выраженность вторичных половых признаков.
Второй очень важной задачей бонитировки является точная сортировка производителей по полу, поскольку присутствие среди самок хотя бы одного самца может вызвать неконтролируемый нерест в преднерестовых прудах.
Пол у самцов определяют обычно по выделению молок при надавливании на брюшко в области генитального отверстия. Однако при пониженной температуре самцы плохо или совсем не текут. В этих случаях для визуальной диагностики пола используют ряд дополнительных признаков: форму брюшка, строение генитального отверстия, наличие брачного наряда (у самцов).
Самцы карпа имеют подтянутое брюшко, твердое на ощупь, генитальное отверстие имеет вид трегуольной щели с втянутым сосочком, на жаберной крышке имеется сыпь в виде шероховатых бугорков. При пониженной температуре на месте бугорков заметны мелкие точечные пигментные образования.
У растительноядных рыб пол можно различать по наличию (у самцов) на внутренней поверхности грудных плавников шипиков, которые прощупываются при движении пальца от конца плавника к его основанию. У белого толстолобика шипики имеют вид острых бугорков, а у пестрого - острых продольных пластинок. У белого амура они очень мелкие и поверхность грудных плавников похожа на наждачную бумагу.
Самцы канального сомика молок не выделяют. Наиболее характерным половым признаком у них является наличие урогенитального сосочка (отсутствующего у самок), расположенного впереди анального плавника. Кроме того, самцы крупнее самок, имеют массивную голову с хорошо развитыми мышечными буграми и более темную окраску тела.
Бонитировку племенных рыб в промышленных стадах проводят путем визуальной оценки ряда признаков, к числу которых относятся выраженность половых признаков, размер рыб (крупные, средние, мелкие), характер телосложения, отсутствие уродств, травм и признаков заболеваний. В результате такой оценки рыб разделяют на несколько классов.
Среди самок выделяют три класса. К первому классу относят лучших рыб с хорошо развитым, мягким брюшком, не имеющих признаков уродств и заболеваний. Таких самок используют в первую очередь. Рыбы, несколько уступающие самкам первого класса, но характеризующиеся в целом удовлетворительными показателями, а также молодые самки составляют второй класс (резервная группа). К третьему классу относят самок с очень слабо выраженными вторичными половыми признаками (таких самок трудно отличить от самцов), а также сильно отставших в росте, травмированных и больных рыб. При достаточной численности маточного стада таких рыб выбраковывают.