На малопродуктивных песчаных, суглинистых и подзолистых почвах с еще незначительным слоем ила органические удобрения часто дают больший эффект, чем минеральные, они сильнее влияют на развитие бактерий, которые служат пищей для планктонных и бентосных организмов, а также в ряде случаев могут являться и кормом для некоторых представителей водной фауны.
При сильно уплотненных посадках исключается необходимость внесения органических удобрений, так как в водоем поступает в значительном количестве органическое вещество в виде продуктов обмена рыб и остатков корма.
Одно из лучших органических удобрений - хорошо перепревший навоз. Навозное удобрение особенно желательно на новых прудах.
Вносят навоз обычно по ложу осушенного пруда в основном на мелководных участках с последующей культивацией ложа. Количество навоза, вносимого в пруд, колеблется от 1 до 16 т на 1 га. Примерно так же вносят и компосты, приготовленные из отбросов хозяйства, торфа, водной растительности. К смешанным компостам добавляют навоз и известь или золу в количестве 2-3 % от массы растительности. Готовый компост вносят в количестве до 4 т на 1 га.
Зеленые удобрения - одно из наиболее доступных и вместе с тем достаточно эффективных органических удобрений - стали чаще применяться в рыбоводстве.
В качестве зеленого удобрения используются высшие растения (высшая жесткая и мягкая водная растительность, произрастающая в прудах, или специально посеянные культуры).
В первом случае водная растительность выкашивается и выбирается на берег для подвяливания, это ускоряет ее дальнейшее разложение. Затем растительность собирается в снопы или уплотненные кучи и размещается вдоль берега. Центральная часть пруда должна оставаться свободной от разлагающейся растительности. При внесении зеленых удобрении обязателен регулярный контроль за содержанием кислорода в воде. Количество кислорода в зоне внесения удобрений должно быть не менее 4,0-4,5 мг/л. По истечении 7-10 дн остатки снопиков надо убрать.
Разлагающаяся жесткая и мягкая водная растительность, используемая в качестве удобрения, благоприятствует развитию бактерий, инфузорий и водорослей, являющихся пищей зоопланктона. В результате значительно увеличивается его количество и повышается (в 2- 3 раза) естественная рыбопродуктивность пруда.
Норма внесения подвяленной водной растительности составляет от 2 до 6 т на 1 га.