После подсушивания поверхность рыбы должна быть сухой, но не пересушенной. Пересушенная рыба во время копчения плохо пропитывается дымом и не приобретает золотисто-коричневого цвета, недосушенная, с влажной поверхностью после копчения имеет темную непривлекательную окраску и привкус горечи в мясе. Подсушку считают законченной, когда содержание влаги в рыбе достигает 62—68% .
Копчение подсушенной рыбы осуществляется в камерах различной конструкции. Рыбу загружают на шестах в шахматном порядке в несколько рядов. Необходимый для копчения дым получается при сжигании опилок непосредственно в камере или дымогенераторе, который находится рядом с камерой. Горение опилок и подача дыма и воздуха регулируется шиберами, задвижками и трубами. Копчение продолжается 40—120 ч. На продолжительность процесса влияют густота дыма, влажность воздуха, входящего в его состав, вид и размеры рыбы, состояние ее поверхности, конструкция камеры и организация процесса копчения.
Температура копчения зависит от строения мяса рыбы, способа ее разделки и содержания жира в мясе. Лососевые и сиговые рыбы имеют нежное слоистое мясо со значительным подкожным слоем жира и небольшим количеством мышечных костей. Оно очень чувствительно к воздействию повышенных температур. Поэтому лососевых и сиговых рыб коптят обычно при температуре 18—20°С, а жирную сельдь — при 20—30°С. Более высокая температура снижает качество рыбы (скисание, подпаривание) и вызывает появление излишних натеков жира. Частиковые рыбы (лещ, сазан, тарань, вобла и др.) имеют менее нежное мясо, больше мышечных костей и обычно не имеют подкожного слоя жира. Поэтому они выдерживают более высокую температуру копчения — 28—30°С.
Уменьшение размеров рыбы при разделке дает возможность повысить температуру копчения.
Верхний ее предел зависит от содержания жира в рыбе и степени непредельности жирных кислот, входящих в его состав. Для предотвращения излишней потери жира, например, нагульную океаническую сельдь, содержащую до 28% жира, в состав которого входят высоконепредельные кислоты, рекомендуется коптить при температуре до 22°С (копчение холодным дымом).
После окончания процесса дым из коптильной камеры удаляют, рыбу переносят в упаковочное помещение и охлаждают на вешалах при температуре 10—15°С. Потери при этом составляют приблизительно 0,5% к массе копченой рыбы. Рыбу холодного копчения упаковывают в деревянные ящики емкостью до 30 кг, сухотарные бочки емкостью до 100 л, короба, плетеные корзины и картонные коробки емкостью до 30 кг. Сельдь холодного копчения упаковывают в деревянные ящики емкостью до 30 кг, короба емкостью до 20 кг и картонные коробки емкостью до 5 кг. Рыбу укладывают плотными рядами, причем неразделенную и потрошеную с наклоном, спинкой вниз, а в верхнем ряду — спинкой вверх.
В случае реализации через местную торговую сеть допускается упаковка рыбы холодного копчения в инвентарную тару емкостью до 30 кг. Тару маркируют в соответствии с действующей нормативно-технической документацией или этикетируют. Хранят рыбу холодного копчения в сухих прохладных помещениях с хорошей вентиляцией. При температуре 0°С и относительной влажности воздуха 75—80% сельдь холодного копчения может храниться 1 месяц, прочая рыба — 2 месяца. Качество рыбы периодически проверяют. При ухудшении его рыбу немедленно реализуют.