Разработку и реализацию мер по рациональному использованию и охране природных ресурсов, а также общее руководство по претворению в жизнь мероприятий по охране природы в соответствии с Конституцией России осуществляет Совет Министров России.
Советы Министров союзных и автономных республик осуществляют руководство всеми мероприятиями в пределах подведомственной им территории. Кроме того, они управомочены осуществлять контроль за реализацией всеми предприятиями и организациями независимо от их ведомственной подчиненности мероприятий по охране природы и улучшению использования природных ресурсов.
Важная роль в реализации законодательных и нормативных актов по охране природы принадлежит органам специальной компетенции - министерствам и ведомствам России, на которые возложена ответственность за охрану и рациональное использование в народном хозяйстве конкретных природных ресурсов. Они управомочены оказывать воздействие па другие министерства, ведомства, организации, учреждения и предприятия, использующие природные ресурсы или влияющие на природную среду.
Компетенция таких общесоюзных министерств и ведомств определена рядом правовых актов.
К числу органов специальной компетентности в области охраны и использования вод и их биологических ресурсов отнесены Министерство мелиорации и водного хозяйства России и Министерство рыбного хозяйства России.
Министерство мелиорации и водного хозяйства России несет ответственность и осуществляет контроль за организацией рационального использования вод в народном хозяйстве и охраной их от загрязнения, засорения и истощения; осуществляет государственный контроль за работой очистных сооружений и сбором сточных вод; организует эксплуатацию крупных межотраслевых водохозяйственных объектов и систем; организует работы по мелиорации земель; разрабатывает перспективные и годовые планы развития водного хозяйства России, схем комплексного использования и охраны вод, водохозяйственные балансы, имеющие общесоюзное значение, организует разработку схем охраны вод малых рек и верховьев горных рек.
Министерство рыбного хозяйства России обеспечивает охрану и воспроизводство рыбных запасов, регулирование рыболовства, а также охрану биологических ресурсов континентального шельфа страны.