Государственное управление использованием и охраной вод осуществляется органами общей компетенции - Советом Министров России, Советами Министров союзных и автономных республик и исполкомами местных Советов народных депутатов, а также органами специальной компетенции - Министерством мелиорации и водного хозяйства России и его союзно-республиканскими и местными органами.
В соответствии со ст. 8 Основ водного законодательства России и союзных республик государственный контроль за использованием и охраной вод осуществляется Советами народных депутатов, их исполнительными или распорядительными органами.
Государственный контроль за санитарным состоянием поверхностных и подземных вод возложен на Министерство здравоохранения России; государственный контроль за охраной подземных вод от истощения и загрязнения возложен на Министерство геологии России; государственный контроль за уровнем загрязнения водных объектов по гидробиологическим, физическим и химическим показателям возложен на Госкомитет России по гидрометеорологии и контролю природной среды.
Согласно действующему законодательству в России все воды состоят в исключительной собственности государства. Поэтому они предоставляются всем государственным, кооперативным и общественным организациям, предприятиям и учреждениям, а также отдельным гражданам лишь в общее или специальное пользование.
Предоставляя право пользования водными объектами, государство обязывает наряду с рациональным использованием вод заботиться о сохранности их чистоты, не допускать нарушения прав, а также нанесения ущерба хозяйственным и природным объектам (землям, лесам, животному миру и т. д.).
Предохранение вод от загрязнения в правовом отношении в настоящее время обеспечивается такими документами, как Правила санитарной охраны прибрежных районов морей, Положение о порядке использования и охраны подземных вод на территории России, Правила охраны поверхностных вод от загрязнения сточными водами, распространяющимися на реки, ручьи, водохранилища, озера, пруды и искусственные каналы, используемые для хозяйственно-питьевого водоснабжения и культурно-бытовых нужд, а также для рыбохозяйственных целей.
Указанными правилами предъявляются высокие требования к оценке загрязненности вод. В частности, в Правилах охраны поверхностных вод от загрязнения сточными водами отмечается, что поверхностные воды (реки или иной водоем) считаются загрязненными, если их состав или свойства изменились настолько, что они стали непригодными хотя бы для одного вида водоиспользования, для которого предназначен водоем.