Такие интродукции могут привести к генетическому нарушению природных запасов и потере уникальных резервуаров генетического разнообразия видов. В связи с этим необходимо охранять генетическое разнообразие диких родственников культивируемых видов.
В Китае перенос и перемещение видов из одной речной системы в другую привели к переносу патогенных организмов и сказались на генетическом разнообразии диких популяций. Эти проблемы осложняются повторными интродукциями и побегом особей. Это подчеркивает тот факт, что риск перемещения видов из одной водной системы в другую следует тщательно анализировать.
Однако рыбопитомники бывают не всегда конкурентоспособными. Например, в Юго-Восточной Азии рыбопитомники производят на продажу сеголетков сома, но фермеры в некоторых странах этого региона все еще предпочитают сеголетков, пойманных в дикой природе. Считается, что они лучшего качества, или их проще и дешевле получить, чем те, что произведены в рыбопитомниках. В Японии и частные, и государственные питомники успешно разводят большую сериолу (Seriola dummerili), но фермеры все равно предпочитают пойманных в природе сеголетков.
В Азии, как и в других частях мира, некоторые важные отрасли марикультуры (особенно занимающиеся рыбой) зависят от запасов культивируемых особей, пойманных в дикой природе. Эти рыболовные промыслы обычно начинаются как нерегулируемые, и управление обращает на них мало внимания. Однако по мере расширения рыбоводной деятельности и ее экономического значения влияние промыслового вылова «посадочного материала» для крупномасштабных операций в области аквакультуры может оказывать существенное воздействие на природные запасы.
В Азии культивирование таких различных видов как тропический колючий омар, большая сериола и нескольких видов груперов привело к избыточному лову молоди. Обеспокоенные этим власти Японии ввели меры регулирования, направленные на обеспечение рационального лова молоди сериолы путем ограничения числа сеголеток, которые могут быть пойманы за сезон, и регулирования международной торговли. В случае тропического колючего омара соответствующие власти Вьетнама рассматривают вопрос о создании морского охраняемого района, где это важное с коммерческой точки зрения ракообразное может размножаться в безопасности.
Такие основанные на вылове практические методы аквакультуры также существуют в Европе, и европейский угорь (Anguilla anguilla) является только одним из примеров.
В начале прошлого столетия молодые угри (известные как «стеклянные угри») были настолько многочисленны, что они использовались в качестве корма для кур и сырья для производства клея. Однако в последние 30 лет культивирование угрей, полностью основанное на пойманном посадочном материале, стало одной из самых производительных отраслей аквакультуры (100 тонн продукции на 1,5 человеко-года работы). Сегодня европейский угорь считается видом под угрозой исчезновения, и в ЕС строго регулируется лов стеклянных угрей.