Многие культивируемые виды гидробионтов могут теперь выращиваться полностью в неволе, так как ученые сумели воспроизвести их жизненный цикл. Однако это пока невозможно для некоторых видов, в настоящее время выращиваемых рыбоводами, особенно для морских рыб. Рыбоводам необходим доступ к диким особям либо для получения маточного стада - особей, которые позже размножаются и нерестятся в неволе, либо молоди для выращивания в неволе. В действительности те виды, которые могут выращиваться в замкнутом цикле на фермах, время от времени требуют привнесения новых производителей из дикой природы, чтобы поддерживать генетические линии и избегать инбридинга.
Таким образом, технологическая практика аквакультуры может оказывать воздействие на природные запасы. Хотя и считается, что вылов половозрелых особей для разведения их в неволе оказывает незначительное воздействие на состояние природных запасов в долгосрочной перспективе, это не так в случае вылова молоди.
Недавнее исследование ФАО показывает, что в период, начавшийся до 1960-х годов и продолжавшийся и в 1970-е годы (когда объемы, произведенные рыбопитомниками, было трудно предсказать, и они зачастую сильно колебались), использование дикого посадочного материала в пресноводной аквакультуре было обычной практикой, в том числе в Бангладеш, Индии, Пакистане и Вьетнаме. Однако со временем рыбопитомники в этих странах стали в значительной мере удовлетворять потребности в посадочном материале, необходимом для аквакультуры и рыболовного промысла. Сегодня рыбоводы во многих странах полностью или частично зависят от выведенного в рыбопитомниках посадочного материала (например, в Бразилии, Египте, Индонезии, Колумбии, Кубе, Нигерии, Таиланде, Уганде, Шри-Ланке и Эквадоре). Однако, хотя часть произведенной рыбопитомниками рыбы доращивается до половозрелости и становится маточным стадом, практика получения производителей в дикой природе все еще распространена. В Китае рыбопитомники полагаются на поимку в природных водах вплоть до 86 процентов маточного стада разводимых на фермах пресноводных видов рыб.
Важная проблема в секторе пресноводной аквакультуры является по своему характеру генетической. Она связана с созданием и использованием смешанных популяций, которые состоят из особей, полученных путем скрещивания двух видов рыб из одного семейства. Если такие особи вернутся в дикую природу, они могут скрещиваться с особями из родительских популяций и изменять их генетический состав. Примером такой смешанной популяции является популяция генетически улучшенной культивируемой тилапии (или тилапии GIFT), выведенной на Филиппинах с использованием широкой генетической базы диких и культивируемых линий.
Представляется неизбежным, что, либо за счет намеренного пополнения запасов (например, рыболовство, основанное на культивировании), либо за счет ускользнувших особей, особи из смешанной популяции (которая была дополнительно модифицирована путем процесса окультуривания) со временем вновь попадут в естественную среду, заселенную родительскими запасами.