Здесь могут преобладать синезеленые водоросли, которые весьма выносливы. Удобрения и химикаты, смываемые дождями с полей в реки, городские сточные воды в конце концов попадают в водохранилища и эстуарии. Эти стоки являются прекрасным удобрением для сине-зеленых водорослей, которые все чаще, хотя бы в летний период, занимают доминирующее положение в экосистемах. Одноклеточные водоросли выделяют химические вещества, как полагают, фенольного ряда, которые отрицательно влияют на качество как пресной, так и морской воды. Глубокие изменения в воде начинают происходить еще до начала ее "цветения", когда синезеленые водоросли только начинают размножаться. Чем выше температура воды, тем сильнее отрицательное влияние синезеленых, зеленых и диатомовых водорослей на рыбу, особенно на молодь. При "цветении" изменение состояния водной среды связано с развитием растений. При этом отклонений от стандартных гидрохимических и гидробиологических показателей качества воды не наблюдается, однако происходит резкое усиление токсичности водной среды с одновременным резким уменьшением содержания перекиси водорода в воде.
Перекись водорода в толще воды находится в приповерхностном слое и у дна. Источниками ее образования являются ультрафиолетовые лучи, водоросли, которые выделяют перекись на свету, бактерии донного ила, которые способны разлагать сахара, аминокислоты, нефтепродукты, фенолы и т.д. Перекись расходуется в воде на окисление токсических веществ с помощью свободных радикалов. В настоящее время во многих странах перекись водорода добавляют в воду для улучшения ее качества. К использованию вод водохранилищ в форелеводстве необходимо подходить с большой осторожностью.
В реках, каналах, водохранилищах и особенно в стоячих водах могут наблюдаться суточные колебания pH, связанные фотосинтезом, pH может достигать высоких значений (вплоть до 9—10) в конце дня из-за образования щелочных карбонатов. Этому процессу способствует интенсивная инсоляция. Кислые воды отрицательно влияют на аппетит и рост форели, уменьшается потребление ею кислорода, создаются благоприятные условия для развития и распространения эпидемических заболеваний.
В форелеводстве используется и водопроводная вода, в которую для улучшения качества добавляют хлор или фтор, что оказывает на форель весьма нежелательное воздействие. Качество городской воды можно улучшить химическим методом, но это весьма дорого. Поэтому система городского водоснабжения является неудовлетворительным для форелеводства источником.
Морская вода содержит обычно около 35 г/л растворенных твердых веществ, т.е. соленость ее составляет 35 ‰ или 3,5 %.