В ручьях и реках обитают различные организмы, попадание которых в бассейновую систему нежелательно, так как они могут стать конкурентами в питании, засорить запорную арматуру, явиться источником различных заболеваний. Многие ручьи и реки несут много ила или твердых взвесей, которые начинают оседать в бассейнах при уменьшении скорости течения. При использовании этой воды водозаборное сооружение должно предотвращать попадание речного мусора (листья, ветки, растения и т.п.), а также твердых взвесей в рыбоводные бассейны. Загрязненные ручьи и реки - плохой источник воды для форелевого хозяйства.
Вода прудов и озер содержит меньше кислорода, чем реки и ручьи. Температура воды в озерах, и в меньшей степени в прудах, более стабильна, чем в ручьях. Однако сезонные колебания температуры весьма значительны. Чем крупнее водоем, тем меньше диапазон колебаний и менее внезапны изменения его гидрохимического режима. Озера и пруды избавляются от загрязнения значительно медленнее, чем реки и ручьи. Количество взвешенных частиц в прудах и озерах обычно меньше, чем в реках, но источников всевозможных заболеваний здесь больше, чем в ручьях, так как вода в них непроточная.
В водохранилищах протекают специфические гидрологические гидрофизико-химические и гидробиологические процессы, отличающиеся от тех, которые наблюдаются в озерах, реках и каналах. Ведущими факторами, определяющими жизнь водохранилища, являются водообмен и уровенный режим. В водохранилищах различного типа водообмен может составлять от нескольких суток до нескольких лет. Амплитуда колебаний уровня воды в различных водохранилищах составляет от нескольких десятков сантиметров (для равнинных водохранилищ) до многих десятков метров (для горных водохранилищ).
В водохранилищах создается направленное движение воды к плотине и образуются зоны водоворотных циркуляций, когда вода перемещается по очень сложным замкнутым траекториям. Такая гидродинамическая структура определяет формирование и движение водных масс, термический, газовый и биогенный режимы, перемещение и осаждение минеральных и органических взвесей, протекание процессов самоочищения воды. По сравнению с реками и озерами вода водохранилищ обладает меньшей самоочищающей способностью, образуются застойные зоны, вода прогревается больше, чем в реках, особенно на мелководьях, происходят цветение воды, чрезмерное продуцирование биомассы водной растительности, что может вызывать значительные суточные колебания содержания кислорода в воде.