Рыбы могут улавливать раздражения как физической природы (давление, звук, цвет, температуру, электрический ток и магнитные поля), так и химической (запах и вкус). Боковая линия специализированный орган, свойственный только рыбам и живущим в воде амфибиям, позволяет рыбе ощущать изменение давления воды, отчасти звуковые волны.
Органы зрения у рыб устроены в основном так же, как и у других позвоночных. Сходен с остальными позвоночными и механизм восприятия зрительных ощущений. Роль зрения для большинства рыб очень велика: она помогает ориентироваться во время миграций, встречи с опасностью, брачных игр, при поиске пищи.
Способность рыб воспринимать свет издавна использовалась в рыболовстве (лов рыбы на свет факела, костра и т. д.).
Температурное чувство рыб связано с рецепторами, находящимися в коже. Простейшей реакцией рыб на изменение температуры воды является переход в места, где температура для них более благоприятна. Рыбы не имеют механизмов терморегуляции, температура их тела непостоянна и соответствует температуре воды или немного отличается от нее (при движении, заболевании температура тела превышает окружающую температуру на 0,2-0,7 °С).
Органы обоняния у рыб находятся в носовой полости. Они обладают тонким обонянием. Способность рыб обнаруживать пищу по запаху используют в любительском рыболовстве.
Органы вкуса представлены вкусовыми точками, которые расположены как во рту и на губах, так и на усиках, жаберных лепестках, плавниковых лучах и по всему телу.
Централизованным органом выделения из организма воды, солей, жидких продуктов распада белков (мочевины и мочевой кислоты) и т.д. являются почки. Регулируя выведение из организма жидких продуктов обмена, в том числе серной, фосфорной, мочевой и других кислот, почки служат и основным органом, обеспечивающим определенный уровень осмотического давления в организме, которое у пресноводных рыб больше, чем в окружающей среде.
Органы размножения. Половые органы представлены у самцов семенниками, у самок - яичниками. Зрелые половые клетки по выводным протокам - яйцеводам и семяпроводам - выводятся наружу через половое или мочеполовое отверстие. У большей части костистых рыб осеменение наружное. Самка выметывает икринки. Самец, плавая рядом, выделяет сперму. В воде сперматозоиды активизируются, начинают двигаться и, встретив икринку, проникают в нее через отверстие в оболочке. Таким образом, развитие эмбриона происходит вне тела матери.