Биогены, органические вещества, температура воды определяют развитие водорослей в водоеме. При благоприятных условиях водоросли развиваются в массовых количествах, образуя так называемое цветение воды. Обычно при цветении максимального развития достигают 1-2 вида водорослей. Различают основные типы цветения - протококковое, диатомое, синезеленое и др. Очень часто цветение воды вызывают синезеленые водоросли Aphanizomenon, Microcystis и др., которые всплывают на поверхность воды и образуют густую пленку голубовато-зеленого цвета. Синезеленое цветение - нежелательное явление, так как скопление отмирающих водорослевых масс и их последующее разложение с появлением ядовитых продуктов распада отрицательно влияет на санитарное состояние водоемов, способствует возникновению летних заморов рыб.
Различные водоросли неодинаково реагируют на содержание тех или иных биогенов. Удобряя пруды азотно-фосфорными удобрениями, можно добиться цветения воды зелеными водорослями, являющимися наиболее полезными для животных организмов - зоопланктона, бентоса и рыб. Ограничивает цветение водоемов внесение негашеной извести в количестве 1-2 ц/га.
Для сбора и обработки фитопланктона применяется так называемый осадочный метод. Проба воды отбирается мерной посудой (банкой, кружкой и т. д.) из разных мест пруда и переносится в ведро или иную емкость. Затем из ведра после перемешивания берут 0,5-1 л воды, помещают в отдельную склянку и фиксируют с 40%-ным раствором формалина (в количестве 50 мл на 1 л воды, что составляет в итоге 2 %-ный раствор формалина). В качестве фиксатора используется также крепкий раствор иода. Раствор вливают в пробу до появления желтоватой окраски. Пробу закрывают пробкой и ставят для отстаивания в темное место на 10-14 дн.
По осадку в мерном цилиндре можно вычислить биомассу фитопланктона. Если часть водорослей оказалась в верхнем слое, их отсчитывают по верхним делениям цилиндра и прибавляют к осадку (массу организмов в осадке принимают равной плотности воды).