В разных местах водоема набирают мерной посудой (литровой кружкой, градуированным ковшиком и т. д.) и процеживают через планктонную сетку 25-50 л воды. На крупных прудах берут несколько проб на участках, различающихся по своим условиям (глубинам, зарастаемости и т. д.), например в вершине, в центральной части и у плотины. Указанным способом проба берется в поверхностном слое воды. В случае если пруд имеет глубины порядка 2-5-м, отбор пробы можно производить батометром и затем процеживать через планктонную сетку.
Каждая проба планктона, если она не обрабатывается в живом состоянии, должна быть зафиксирована.
Взятая проба переносится в стеклянную банку или бутыль и фиксируется 4 %-ным формалином. Если работа производится зимой, то пробы фиксируют спиртом (в случае, если нельзя обеспечить хранение пробы в теплом месте). Взятая проба снабжается этикеткой со следующими сведениями: название или номер пруда, место и время взятия пробы, количество процеженной воды. На этикетке пишут простым карандашом (на пергаменте или бумаге) и вкладывают в банку с пробой.
При лабораторном исследовании собранного материала устанавливается качественный состав организмов и производится их подсчет, который ведется по группам.
Для более точного учета организмов и определения видового состава зоопланктона пробу просматривают под микроскопом. Ее предварительно доводят до определенного объема (50, 100 или 200 см3), что упрощает дальнейшие расчеты, хорошо перемешивают и берут определенную часть для просмотра. В этих целях пользуются штемпель-пипеткой определенного объема, обычно 0,5 мл. При отсутствии штемпель-пипетки пользуются градуированной пипеткой. Отобранную пробу переносят на счетное стекло, на котором подсчитывают количество организмов каждого вида. Во избежание ошибки обрабатывают две параллельные пробы. Видовой состав зоопланктонных организмов определяют с помощью специальных определителей.
Зная объем пробы планктона и объем просчитанной части, определяют количество организмов во всей пробе.