Выклюнувшихся свободных эмбрионов содержат в инкубационных стеклопластиковых лотках или в стеклопластиковых бассейнах размером 2,1х0,4х0,2 или 2,3х0,4х0,2 м, снабженных защитным сетчатым экраном, установленным наклонно перед водоспуском. Бассейны для выдерживания свободных эмбрионов должны иметь низкие борта, чтобы за эмбрионами было легче ухаживать. Рекомендуется использовать стеклопластиковые квадратные бассейны с закругленными углами размером 1x1x0,4 и 1,5х1,5х0,4 м. Эти бассейны должны быть снабжены съемными защитными сетчатыми стаканами, которые устанавливаются в приямок в центре бассейна вместо горизонтальной защитной сливной сетки.
Плотность посадки составляет 10 тыс. шт/м2 при уровне воды в бассейне 5 см. Свободные эмбрионы чувствительны к недостатку кислорода, поэтому содержание его на втоке должно составлять 9—10 мг/л, а на вытоке — не ниже 7 мг/л. При температуре 12—14 °C расход воды должен быть равен 0,02 л/с на 1 тыс. личинок. Интенсивность водообмена в инкубационных лотках должна составлять 5—6 раз в час.
Условия выдерживания свободных эмбрионов можно значительно улучшить, применив специальный прямоточный бассейн и искусственный риф.
С уменьшением размера желточного мешка через 5—7 дней покоя свободные эмбрионы становятся более подвижными, избегают освещенной зоны. У них появляется положительная тактильная реакция на контакт, они собираются в плотные стаи в местах наибольшего тока воды, что ухудшает условия дыхания и приводит к их гибели от удушья. Обычно в таких случаях по дну лотка раскладывают крупную гальку, чтобы свободные эмбрионы группировались вокруг нее. Однако применение искусственного рифа дает лучший эффект и при этом позволяет увеличить плотность посадки свободных эмбрионов до 30 тыс. шт/м2 при соответствующем водообмене. При глубине 5 см и водообмене до 8-10 раз в час искусственный риф не дает течению сносить свободных эмбрионов. В дальнейшем по мере роста рыбы и ее поднятии на плав уровень воды в бассейне поднимают, увеличивая рабочий объем, устанавливают необходимую плотность посадки и соответствующий расход воды. При поднятии свободных эмбрионов на плав искусственный риф из бассейна удаляется.
По мере роста свободные эмбрионы темнеют, у них усиливается пигментация, размеры желточного мешка уменьшаются. В конце периода выдерживания, который длится примерно 100—150 градусо-дней, что соответствует рассасыванию желточного мешка на 50 %, тщательно контролируют поведение личинок.
С появлением положительного реотаксиса и фототаксиса выдерживание свободных эмбрионов заканчивается и наступает следующий этап развития форели — личиночный.
В процессе выдерживания свободных эмбрионов возможен отход в пределах 5 %.